這是一段攻殼機(jī)動(dòng)隊(duì)成立前夕鮮為人知而又影響深遠(yuǎn)的故事。2027年6月6日的一天，隸屬陸軍機(jī)密部隊(duì)501機(jī)關(guān)的真室中佐（宮內(nèi)敦士配音）在鬧市街頭被人殺害，此前他曾陷入軍火買賣的賄賂丑聞不得脫身，他對(duì)死亡背后自然隱藏著無(wú)數(shù)謎團(tuán)。陰雨之夜，試圖取回真室電子腦的公安9課課長(zhǎng)荒卷大輔（塾一久配音）與生化人草薙素子（坂本真綾配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此時(shí)草薙還只是501機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)網(wǎng)絡(luò)犯罪追查的軍人，此行她希望找到倍為尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。誰(shuí)知，棺木中的中佐早已不見了蹤影。在此之后，她受到荒卷委托展開調(diào)查，并在一連串兇險(xiǎn)追查的過程中與前特種部隊(duì)成員巴特（松田健一郎配音）和時(shí)為新濱縣刑警的陀古薩（新垣樽助配音）邂逅。撲朔迷離的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根據(jù)士郎正宗的原作改編。