宇宙移民與宇宙戰(zhàn)爭的歷史—宇宙世紀(jì)終結(jié)后，時光飛逝，人們迎來新的歷史RegildCentury(R.C.)，并開始了繁榮與和平的生活。RC1014年，聳立大地連接地球和宇宙的軌道天梯CapitalTower(首都塔)，從宇宙中為人類帶來作為地球能量之源的PhotonBattery，故被視為是圣地。其守護(hù)組織CapitalGuard候補(bǔ)生貝爾利·杰納姆在初次飛行的時候遭到所屬不明MSG-SELF的攻擊。貝爾利使用維修檢查用MS與其交戰(zhàn)并成功捕獲。然而貝爾利對G-SELF的駕駛者，名為アイーダ?レイハントン的宇宙海賊少女產(chǎn)生了某種感覺。不滿足特定條件便不會啟動的G-SELF對貝爾利產(chǎn)生了某種反應(yīng)。宇宙海賊和アイーダ的目的、被G-SELF選中的貝爾利的命運(yùn)、令RC全體動搖的真相——這一切只不過是Reconguista的開始。